Các trường hợp dùng Đông dược sau đây đều có thể gây tác dụng phụ:

1. Dùng thuốc không hợp với thể bệnh

Theo y học cổ truyền, bệnh tật sinh ra do sự mất cân bằng trong cơ thể về các mặt âm dương, hàn nhiệt, hư thực… Ngay một chứng bệnh cũng chia ra thể hàn (lạnh), thể nhiệt (nóng), thể hư (bản thân các cơ quan trong cơ thể bị hư suy), thể thực (bệnh cấp tính do yếu tố bên ngoài là chủ yếu chưa ảnh hưởng tới công năng của các tạng trong cơ thể)… Mỗi thể đều có những phương pháp điều trị đặc hiệu. Bệnh hàn thì dùng thuốc nhiệt, bệnh nhiệt thì dùng thuốc hàn, bệnh hư phải dùng thuốc bổ, bệnh thực phải dùng thuốc tả để công phạt. Không thể có một phương thuốc chung cho bất kỳ bệnh nào. Nếu dùng sai sẽ gây hậu quả tai hại: nhiệt gặp nhiệt tắc cuồng, hàn gặp hàn tắc tử.

2. Dùng thuốc quá liều

Một số vị thuốc khi dùng quá liều trong một thời gian dài sẽ có thể gây nên những tổn hại cho cơ thể. Chẳng hạn, vị mộc thông (giúp lợi tiểu) nếu dùng với liều cao kéo dài có thể gây suy thận. Ở liều cao, các vị tế tân, bạch quả, ô đầu, phụ tử, hạnh nhân… cũng có thể gây nên ngộ độc.

3. Dùng thuốc kéo dài

Dù lương y chẩn đoán và kê đơn đúng nhưng một số Đông dược khi được dùng thời gian dài cũng gây hại. Ví dụ, việc dùng kéo dài chu sa, đại giả thạch, lục thần khúc… có thể ảnh hưởng tới chức năng gan và thận.

4. Phối hợp thuốc không đúng

Nhiều vị thuốc khi sử dụng phải có những sự kiêng kỵ nhất định khi phối hợp với những vị thuốc khác nhằm hạn chế sự tương tác thuốc không có lợi, hạn chế tác dụng phụ. Chẳng hạn, không được dùng côn bố hoặc hải tảo với chu sa vì có thể gây viêm đại tràng. Việc kết hợp Đông dược với một số tân dược cũng có thể gây ảnh hưởng xấu (tuy điều này chưa được nghiên cứu đầy đủ). Ví dụ, việc dùng trạch tả (thuốc lợi tiểu) cùng những thuốc lợi tiểu Tây y khác (như spironolacton) có thể dẫn tới tăng kali huyết.

5. Sai sót trong quá trình bào chế

Việc bào chế có thể làm tăng tác dụng hoặc giảm bớt độc tính của thuốc. Nếu bào chế không tốt, độc tính của thuốc chưa được loại trừ, khi dùng có thể gây những phản ứng đáng tiếc. Trong y học cổ truyền có nhiều vị thuốc dễ gây ngộ độc, nôn mửa nếu bào chế không kỹ như bán hạ, phụ tử… Vị thuốc tỳ bà diệp (lá nhót) khi bào chế phải được làm sạch các lông tơ, nếu không có thể gây ngứa họng, ho, sưng niêm mạc họng.

6. Sai sót trong cách dùng thuốc

Nhiều vị thuốc độc tính cao thường chỉ được dùng bôi, đắp ngoài da; nếu dùng đường uống sẽ có thể gây những tác hại nặng nề, thậm chí dẫn tới tử vong. Ví dụ: Mật cá trắm, lá vòi voi dùng đắp ngoài sẽ chữa được các bệnh khớp; nhưng nếu dùng đường uống sẽ có thể dẫn đến suy thận cấp, hoại tử ống thận cấp, rất nguy hiểm.